En ligne 1, ajout de 4 lignes |
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* [cliquer ici |Taxonomina] |
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En ligne 6, changement de 4 lignes |
- Les données sur les noms d’espèces.</br> |
- Les références de description.</br> |
- Les références de spécimens types.</br> |
- Les publications.</br> |
* Les données sur les noms d’espèces.</br> |
* Les références de description.</br> |
* Les références de spécimens types.</br> |
* Les publications.</br> |
En ligne 14, changement de une ligne |
Les publications sont appellées via la vue PUBLI_STORE.</br> |
Les publications sont appelées via la vue PUBLI_STORE.</br> |
En ligne 17, changement de une ligne |
(voir le document [La base de données] pour plus de détails - <i>en cours de rédaction</i>). |
(voir le document [La base de données | Taxonomina - Doc technique - BDD] pour plus de détails). |
En ligne 19, changement de une ligne |
!!!2. Les données |
!!!2. Organisation des répertoires et des fichiers |
En ligne 24, changement de une ligne |
Les fichiers de configuration (connection BDD et constantes) sont stockés dans “back_end/config”.</br> |
Les fichiers de configuration (connexion BDD et constantes) sont stockés dans “back_end/config”.</br> |
En ligne 29, changement de une ligne |
Le code côté serveur renvoie uniquement des JSONs suivant les reqêtes du client et quasiment jamais de HTML. Le HTML est généré par le framework ExtJS (voir 2. 2).</br> |
Le code côté serveur renvoie uniquement des JSONs suivant les requêtes du client et quasiment jamais de HTML. Le HTML est généré par le framework ExtJS (voir 2. 2).</br> |
En ligne 31, changement de une ligne |
Les classes d’objets sont instanciées dans autant de fichiers que de fonctionalités (Tableau 1).</br> |
Les classes d’objets sont instanciées dans autant de fichiers que de fonctionnalités (Tableau 1).</br> |
En ligne 33, changement de une ligne |
[{Image src = 'Fig1.png' width='' height='..' align='left|center|right' style='width: 80%}] |
[{Image src = 'Fig1.png' width='350px' height='..' align='left|center|right' style='width: 80%}] |
En ligne 38, changement de une ligne |
Le code côté client est structuré par le framework ExtJS (voir la documentation ExtJS sur <i>http://docs.sencha.com/extjs/4.2.3/#!/guide</i> pour plus de détails). </br> |
Le code côté client est structuré par le framework ExtJS (voir la documentation ExtJS sur [http://docs.sencha.com/extjs/4.2.3/#!/guide] pour plus de détails). </br> |
En ligne 40, changement de 4 lignes |
- Un dossier “app” qui contient le ou les fichiers de contrôle, les modèles ainsi que les vues. Il contient aussi un dossier <i>store</i> utilisé principalement pour appeler les données pour l’autocomplétion et les grilles.</br> |
- Un dossier “localisation” qui contient les chemins vers les fichiers côté serveur ainsi que les labels des composants de la vue (titres de fenêtres, labels des champs de formulaires, etc.)</br> |
- Un dossier “ressources” qui contient principalement le CSS et les images utilisés pour l’affichage.</br> |
[{Image src = 'Figure2.png' width='' height='..' align='left|center|right' style='width: 60%}] |
* Un dossier “app” qui contient le ou les fichiers de contrôle, les modèles ainsi que les vues. Il contient aussi un dossier <i>store</i> utilisé principalement pour appeler les données pour l’autocomplétion et les grilles.</br> |
* Un dossier “localisation” qui contient les chemins vers les fichiers côté serveur ainsi que les labels des composants de la vue (titres de fenêtres, labels des champs de formulaires, etc.)</br> |
* Un dossier “ressources” qui contient principalement le CSS et les images utilisés pour l’affichage. |
Les fichiers ainsi que leurs descriptions sont listés dans le Tableau 2. |
</br> |
[{Image src = 'Figure2.png' width='300px' height='..' align='left|center|right' style='width: 60%}] |
En ligne 46, suppression de une ligne |
!!! 3. Diagrammes des objets JS et des méthodes, par fonctionnalité |
En ligne 48, changement de 2 lignes |
- Pour les formulaires de saisie : |
* [cliquer ici | Taxonomina - Doc technique Especes - Formulaires de saisie] |
!!! 3. Organisation des classes et méthodes |
|
!!3.1 Côté serveur |
* Les méthodes contenues dans '' common.control.class.php'' récupèrent les POSTs et GETs envoyés par le client. Elles retournent un tableau PHP. |
* Les méthodes contenues dans '' common.data.class.php'' envoient les requêtes SQL. Elles retournent un tableau PHP. |
* Les méthodes contenues dans '' common.view.class.php'' encodent les tableaux PHP des résultats SQL en JSON. |
|
Les méthodes ainsi que leurs descriptions sont listées dans le Tableau 3. |
|
__Note__ : Toutes les méthodes de la vue contenues dans '' common.view.class.php'' encodent un JSON à partir des méthodes portant le même nom, contenues dans '' common.data.class.php.'' |
|
!!3.2 Côté client |
|
Toutes les méthodes de contrôle sont dans le fichier '' MainController.js'' sauf celles avec un astérisque qui sont dans le fichier '' codeNomenController.js'' (Tableau 4). |
Les méthodes sont toutes appelées par la méthode '' control'' du '' MainController''. Cette méthode pointe vers l’élément HTML (avec son id en général) et déclenche un événement ('' "__#id__" : {event: __this__.method}''). |
|
Exemple : |
'' "__#homeBtn__" : {click: __this__.homeNav}.'' |
|
|
!!! 4. Diagrammes des objets JS et des méthodes, par fonctionnalité |
|
* Pour les formulaires de saisie : |
** [cliquer ici | Taxonomina - Doc technique Especes - Formulaires de saisie] |
En ligne 51, changement de 2 lignes |
-Pour le remplissage des grilles : |
* [cliquer ici | Taxonomina - Doc technique Especes - Remplissage des grilles] |
*Pour le remplissage des grilles : |
** [cliquer ici | Taxonomina - Doc technique Especes - Remplissage des grilles] |
</br> |
* Pour la suppression de données : |
** [cliquer ici | Taxonomina - Doc technique Especes - Suppression] |
</br> |
* Pour la recherche par autocomplétion : |
** [cliquer ici | Taxonomina - Doc technique Especes - Autocompletion] |
En ligne 57, changement de 2 lignes |
<b>Tableau 1. Liste des noms de fichiers côté serveur, chemins et rôles.</b> |
|| Nom du fichier ||Chemin ||Rôle |
<b>Tableau 1. Liste des noms de fichiers côté serveur, chemins ainsi que leurs descriptions.</b> |
|| Nom du fichier ||Chemin ||Description |
En ligne 85, changement de une ligne |
||rank_store.data.php||||Envoie la requête SQL de sélection des noms de rangs de la serie espèce |
||rank_store.data.php||||Envoie la requête SQL de sélection des noms de rangs de la série espèce |
En ligne 99, changement de une ligne |
|remove_taxon.control.php|back_end/common/control/|Reçoit l’identifiant de la référence de description considéré en POST |
|remove_taxon.control.php|back_end/common/control/|Reçoit l’identifiant de la référence de description considérée en POST |
En ligne 106, changement de une ligne |
|modify_onomato_specimen.data.php|back_end/common/data/|Envoie la requête SQL de mise à jour de la référence de specimen type. Envoie une requête de sélection du nom et de la référence de specimen type mise à jour. |
|modify_onomato_specimen.data.php|back_end/common/data/|Envoie la requête SQL de mise à jour de la référence de specimen type. Envoie une requête de sélection du nom et de la référence de spécimen type mise à jour. |
En ligne 108, changement de 2 lignes |
||del_onomato_specimen.control.php||back_end/common/control/||Reçoit l’identifiant de la référence du specimen type considéré en POST |
||del_onomato_specimen.data.php||back_end/common/data/||Envoie la requête de suppression de la référence du specimen type considéré. Envoie une requête de sélection du nom (mis à jour, avec la référence du specimen type supprimée) |
||del_onomato_specimen.control.php||back_end/common/control/||Reçoit l’identifiant de la référence du spécimen type considéré en POST |
||del_onomato_specimen.data.php||back_end/common/data/||Envoie la requête de suppression de la référence du spécimen type considéré. Envoie une requête de sélection du nom (mis à jour, avec la référence du spécimen type supprimée) |
En ligne 121, changement de 2 lignes |
<b>Tableau 2. Liste des noms de fichiers côté client, chemins et rôles.</b> |
|| Nom du fichier ||Chemin ||Rôle |
<b>Tableau 2. Liste des noms de fichiers côté client, chemins ainsi que leurs descriptions.</b> |
|| Nom du fichier ||Chemin ||Description |
En ligne 138, changement de une ligne |
|onomatoSpecimenStore.js|app/store/|Appelle une liste de référence de specimens types correspondant à un nom d’espèce. |
|onomatoSpecimenStore.js|app/store/|Appelle une liste de référence de spécimens types correspondant à un nom d’espèce. |
En ligne 145, changement de une ligne |
||MainView.js||app/view/||Affiche les éléments généraux de l’application (logo, banière, topmenu, etc). |
||MainView.js||app/view/||Affiche les éléments généraux de l’application (logo, bannière, topmenu, etc). |
En ligne 156, changement de une ligne |
||modifyTaxonWindow.js||app/view/||Affiche le formulaire de modification de la référence d’une référence de déscription. |
||modifyTaxonWindow.js||app/view/||Affiche le formulaire de modification de la référence d’une référence de description. |
En ligne 198, ajout de 4 lignes |
</br> |
</br> |
</br> |
<b>Tableau 3. liste des méthodes côté serveur avec la classe et le fichier contenant ainsi que leurs descriptions.</b> |
En ligne 203, ajout de 36 lignes |
|| Méthode || Classe || Localisation || Description |
|login|ContributorControl|common.control.class.php|Reçoit les paramètres suivants en POST : '' email'', '' password'' . Retourne un tableau PHP incluant les valeurs des POSTs. |
|register|ContributorControl|common.control.class.php|Reçoit les paramètres suivants en POST : '' title'', '' forename'', '' surname'','' email'', '' pass'', '' pass_confirm'', '' job_title'', '' institution'', '' institution_address''. Retourne un tableau PHP incluant les valeurs des POSTs. |
|autoCompleteStore|SpeciesControl|common.control.class.php| Reçoit les paramètres suivants en GET (champs autocomplétion) : '' comboFilter'' (string des caractères entrés), '' start'', '' limit''. Retourne un tableau PHP incluant les valeurs des GETs. |
|getTaxon|SpeciesControl|common.control.class.php|Reçoit les paramètres suivant en POST : '' paronym_pk'' (clé primaire du nom scientifique) et '' original_paronym_pk'' (clé primaire du nom scientifique original). Retourne un tableau PHP incluant les valeurs des POSTs. |
|speciesFilterGrid|SpeciesControl|common.control.class.php|Reçoit les paramètres suivants en GET : '' filter'' (string des lettres entrées dans les grilles à filtre). Retourne un tableau PHP incluant les valeurs des GETs. |
|insertNewSpecies|CreateSpeciesControl|common.control.class.php|Reçoit les paramètres suivants en POST : '' spel'', '' author'', '' anonymous_author'', '' createSpeciesFieldDate'', '' taxonRank'', '' ori_sub_spelling'', '' correct_spelling'', '' ori_sub_combi'', '' publi_unknown'', '' paronym_publi_title'', '' paronym_page_appearance'', '' paronym_appearance_bhl_id'', '' nomen_unknown'', '' original_spel'', '' contributor_pk''. Retourne un tableau PHP incluant les valeurs des POSTs. |
|updateParonym|CreateSpeciesControl|common.control.class.php| Reçoit les paramètres suivants en POST : PARONYM_PK, SPEL, PARONYM_AUTHORSHIP, anonymous_author, PARONYM_PUBLI_DATE, RANK_FK, PARONYM_RANK_NAME, ORI_SUB_SPELLING, CORRECT, ORI_SUB_COMBI, PARONYM_PUBLI_UNKNOWN, PARONYM_PUBLI_FK, PARONYM_PUBLI_TITLE, PARONYM_FIRST_PAGE, PARONYM_BHL_PAGE_ID, ORIGINAL_UNKNOWN, ORIGINAL_PARONYM_PK, ORIGINAL_SPELLING. Retourne un tableau PHP incluant les valeurs des POSTs. |
|delName|CreateSpeciesControl|common.control.class.php| Reçoit les paramètres suivants en POST : PARONYM_PK. Retourne un tableau PHP incluant les valeurs des POSTs. |
|addNewTaxon|CreateSpeciesControl|common.control.class.php|Reçoit les paramètres suivants en POST : IS_DESCRIPT, DESCRIPT_PUBLI_TITLE, FIRST_PAGE_DESCRIPT, FIRST_PAGE_DESCRIPT_ID, PARONYM_PK. Retourne un tableau PHP incluant les valeurs des POSTs. |
|modifyTaxon|CreateSpeciesControl|common.control.class.php|Reçoit les paramètres suivants en POST : IS_DESCRIPT, DESCRIPT_PUBLI_FK, DESCRIPT_PUBLI_TITLE, FIRST_PAGE_DESCRIPT, FIRST_PAGE_DESCRIPT_ID, PARONYM_PK, ONOPHOR_PK. Retourne un tableau PHP incluant les valeurs des POSTs |
|removeTaxon|CreateSpeciesControl|common.control.class.php|Reçoit les paramètres suivants en POST : PARONYM_PK, ONOPHOR_PK. Retourne un tableau PHP incluant les valeurs des POSTs. |
|addSpecimenToTaxon|CreateSpeciesControl|common.control.class.php|Reçoit les paramètres suivants en POST : PARONYM_PK, ONOPHOR_PK, T_STATUS, SPECIMEN_NUMBER, COLLECTION_NAME, INSTITUTION_NAME, publi_unknown, COUNTRY_NAME, SPECIMEN_PUBLI_FK, SPECIMEN_PUBLI_PAGE, SPECIMEN_PUBLI_PAGE_ID. Retourne un tableau PHP incluant les valeurs des POSTs. |
|modifySpecimen|CreateSpeciesControl|common.control.class.php| Reçoit les paramètres suivants en POST : PARONYM_PK, SPECIMEN_PK, ONOPHOR_SPEC_PK, T_STATUS, SPECIMEN_NUMBER, COLLECTION_NAME, INSTITUTION_NAME, COUNTRY_NAME, PUBLI_UNKNOWN, SPECIMEN_PUBLI_FK, SPECIMEN_PUBLI_PAGE, SPECIMEN_PUBLI_PAGE_ID. Retourne un tableau PHP incluant les valeurs des POSTs. |
|removeSpecimen|CreateSpeciesControl|common.control.class.php|Reçoit les paramètres suivants en POST : PARONYM_PK, ONOPHOR_PK, SPECIMEN_PK. Retourne un tableau PHP incluant les valeurs des POSTs. |
|getOnomatophore|OnomatoSpeciesControl|common.control.class.php| Reçoit les paramètres suivants en GET : '' paronym_pk'', '' original_paronym_pk''. Retourne un tableau PHP incluant les valeurs des GETs. |
||login||ContributorData||common.data.class.php||Envoie une requête SQL select à la table CONTRIBUTOR. Prend les paramètres retournés par ContributorControl -> login. Retourne un tableau PHP contenant les données du compte contributeur. |
||register||ContributorData||common.data.class.php||Envoie une requête SQL insert à la table CONTRIBUTOR. Prend les paramètres retournés par ContributorControl -> register. Retourne un tableau PHP contenant les données de succès/échec de la requête. |
||lastAddedSpecies||SpeciesData||common.data.class.php||Envoie une requête SQL select à la vue SPECIES_STORE. Prend comme paramètre '' $_SESSION[["CONTRIBUTOR"'']. Retourne un tableau PHP contenant les dernières entrées de noms scientifiques. |
||myAddedSpecies||SpeciesData||common.data.class.php||Envoie une requête SQL select à la vue SPECIES_STORE. Prend comme paramètre '' $_SESSION[["CONTRIBUTOR"]''. Retourne un tableau PHP contenant toutes les entrées de noms scientifiques. |
||speciesStore||SpeciesData||common.data.class.php||Envoie une requête SQL à la vue SPECIES_STORE. Prend les paramètres retournés par SpeciesControl -> autoCompleteStore. Retourne un tableau PHP contenant les données sur noms d’espèces correspondants aux caractères entrés dans le champ d’autocomplétion. |
||originalNameStore||SpeciesData||common.data.class.php||Envoie une requête SQL select à la vue SPECIES_STORE. Prend les paramètres retournés par SpeciesControl -> autoCompleteStore. Retourne un tableau PHP contenant les données sur les noms originaux correspondants aux caractères entrés dans le champ d’autocomplétion. |
||getTaxon||SpeciesData||common.data.class.php||Envoie une requête SQL select à la vue TAXON_STORE. Prend les paramètres retournés par SpeciesControl -> getTaxon. Retourne un tableau PHP contenant les entrées de références bibliographiques de descriptions liées au nom scientifique. |
||speciesFilterGrid||SpeciesData||common.data.class.php|| Envoie une requête SQL à la vue SPECIES_STORE. Prend les paramètres retournés par SpeciesControl -> speciesFilterGrid. Retourne un tableau PHP contenant les données noms d’espèces correspondants aux caractères entrés dans le champ de filtre. |
||insertNewSpecies||CreateSpeciesData||common.data.class.php||Envoie une requête SQL insert à la table PARONYM. Prend les paramètres retournés par ContributorControl -> insertNewSpecies. Retourne un tableau PHP contenant les données du nom scientifique nouvellement entrées. |
||updateParonym||CreateSpeciesData||common.data.class.php||Envoie une requête SQL update à la table PARONYM. Prend les paramètres retournés par ContributorControl -> updateParonym. Retourne un tableau PHP contenant les données du nom scientifique en cours. |
||delName||CreateSpeciesData||common.data.class.php||Envoie une requête SQL delete à la table PARONYM. Prend les paramètres retournés par ContributorControl -> updateParonym. Retourne un tableau PHP contenant les données du nom scientifique en cours. |
||addNewTaxon||CreateSpeciesData||common.data.class.php||Envoie une requête SQL insert à la table ONOPHOR et TAXON_NAME. Prend les paramètres retournés par ContributorControl -> addNewTaxon. Retourne un tableau PHP contenant les données du nom scientifique en cours avec la description nouvellement entrée. |
||modifyTaxon||CreateSpeciesData||common.data.class.php||Envoie une requête SQL update à la table ONOPHOR. Prend les paramètres retournés par ContributorControl -> modifyTaxon. Retourne un tableau PHP contenant les données du nom scientifique en cours. |
||removeTaxon||CreateSpeciesData||common.data.class.php||Envoie une requête SQL delete à la table ONOPHOR. Prend les paramètres retournés par ContributorControl -> removeTaxon. Retourne un tableau PHP contenant les données du nom scientifique en cours. |
||addSpecimenTo Taxon||CreateSpeciesData||common.data.class.php||Envoie une requête SQL insert à la table SPECIMEN et ONOPHOR_SPEC. Prend les paramètres retournés par ContributorControl -> addSpecimenToTaxon. Retourne un tableau PHP contenant les données du nom scientifique en cours avec le spécimen type nouvellement entré. |
||modifySpecimen||CreateSpeciesData||common.data.class.php||Envoie une requête SQL update à la table SPECIMEN et ONOPHOR_SPEC. Prend les paramètres retournés par ContributorControl -> modifySpecimen. Retourne un tableau PHP contenant les données du nom scientifique en cours. |
||removeSpecimen||CreateSpeciesData||common.data.class.php||Envoie une requête SQL delete à la table SPECIMEN et ONOPHOR_SPEC. Prend les paramètres retournés par ContributorControl -> removeSpecimen. Retourne un tableau PHP contenant les données du nom scientifique en cours. |
||getOnomatophore||OnomatoSpeciesData||common.data.class.php||Envoie une requête SQL select à la vue SPECIMEN_STORE. Prend les paramètres retournés par SpeciesControl -> getOnomatophore. Retourne un tableau PHP contenant les données sur les spécimens types liés au nom scientifique. |
||getAllOtherForms||OtherFormName|| ||Envoie une requête SQL à la vue SPECIES_STORE. Prend les paramètres retournés par OtherFormName -> getConsideredNamePk () et OtherFormName -> getOriginalNamePk (). Retourne un tableau PHP contenant les noms d’espèce ayant le même nom original. |
||getSynonymyPk||objectiveSynonymy||code_nomen_zoo_fourth_ edit.class.php||Envoie une requête SQL à la vue SPECIES_STORE. Prend le paramètre retournés par objectiveSynonymy -> getConsideredNamePk (). Retourne un tableau PHP contenant les noms d’espèce ayant le même spécimen type. |
En ligne 240, ajout de 4 lignes |
</br> |
</br> |
</br> |
<b>Tableau 4. liste des méthodes côté client avec leurs descriptions.</b> |
En ligne 168, changement de 13 lignes |
<style> |
img { |
width: 50%; |
} |
|
img { |
width: 50%; |
} |
<style> |
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|
|
|
||Méthode||Description |
|homeNav|Charge la page d’accueil |
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|viewPDFDescriptionWindow|Ouvre une iFrame '' biodiversitylibrary.org'' de la page de description |
|showModifyParonymWindow|Ouvre la fenêtre formulaire de modification du nom scientifique |
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|showAddSpecimenToTaxonWindow|Ouvre la fenêtre formulaire d’ajout d’un spécimen type |
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|createSpeciesSubmit|Envoie les données du formulaire d’ajout d’un nom scientifique |
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|delName|Envoie les données de suppression d’un nom scientifique |
|addTaxonSubmit|Envoie les données du formulaire d’ajout d’une description |
|modifyTaxonSubmit|Envoie les données du formulaire de modification d’une description |
|removeTaxonSubmit|Envoie les données de suppression d’une description |
|addSpecimenToTaxonSubmit|Envoie les données du formulaire d’ajout d’un spécimen type |
|modifySpecimenSubmit|Envoie les données du formulaire de modification d’un spécimen type |
|removeSpecimenSubmit|Envoie les données de suppression d’un spécimen type |
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|specimenContextMenuShow|Ouvre le menu contextuel (clic droit) d’un spécimen type |
|onGridpanelItemDblClick|Ouvre la fenêtre formulaire de modification d’un spécimen type |
|onTaxonGridpanelItemDblClick|Ouvre la fenêtre formulaire de modification d’une description |
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|objectiveSynonymy*|Envoie une requête AJAX et charge la grille des synonymes d’un nom scientifique |