Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)
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Groupe_Jacim_Archive_2010

Points JACIM de 2010#

1er decembre 2010#

Participants : Roseline Grouard, Pierre Lozouet, Aude Andouche, Berenger Dulac, Simon Chagnoux
  • Tableau de bord
    • Le nombre des types est élevé car on considère comme type tout ce qui a un statut de détermination particulier sauf les figurés. Idéalement on pourrait distinguer :
      • les types "porte nom" (holotype, paratype, lectotype)
      • les autres types
      • les figurés
    • Jardin : tout est informatisé sous Jacim sauf les arboretum dont Roseline fournira une estimation
    • Invertébrés marins : en stock 1 million de lots (80% mollusques, 15% crustacés), nb de specimens par lot extrapolable de la partie informatisée
    • Les vers : 3 bases de données
      • COLLVERS (quel acronyme ?)
      • POLYCHETE (IA Tarik Meziane)
      • MEIOFAUNE (Monotable gérée par Hubas)
    • L'acronyme IS (spongiaires) est couvert par l'acronyme IP (porifères) : IS sera donc retiré du tableau
  • Jacim
    • Déploiement express d'un correctif sur l'import photo pour résister au fichiers cachés
    • Ajouter si possible un lien vers WORMS dans le composeur WEB d'INVMAR
    • Fusion Palaeo effectuée
    • transfert Cnidaria vers Invmar a faire en 2011 quand la structure pour les photos sera en place
  • Réseaux naturalistes
    • Peut être une piste avec une collection de gorgones marseillaises qui souhaiterait éventuellement bénéficier de l'infrastructure MNHN
    • Marc Pignal est responsable de l'animation des réseaux en zoologie aussi
  • Passage à la classification APG pour la base Jardin
    • Pierre rappelle que les bases de spécimens n'ont pas vocation a devenir des référentiels taxonomiques
    • Besoin de conserver plusieurs classifications et d'éditer tantôt en APG tantôt en historique
    • Comme le schema actuel ne le permet pas, la DSI mettra en place un jardintest dans lequel
      • La classif est réintégré dans taxon
      • on génère les nouveaux taxons et un historique de détermination pour les genres communiqués par Roseline
      • une colonne APG distingue les taxons conforme
    • Si jardintest donne satisfaction on fera la même mabip sur jardin
  • Publication GBIF
    • ajustements nécessaires pour INVMAR
  • Carte Google Maps
    • Vérifier que les liens retour renvoient bien vers la fiche MNHN

17 novembre 2010 #

Participants : Patrice Pruvost, Laurent Albenga, Laure Pierre, Dario De Franceschi, Berenger Dulac, Simon Chagnoux
  • Publication Web
    • La fiche ARTHROTER est prête et sera mise en ligne dans les prochains jours
      • mêmes critères que les Ensifères
      • pas de géolocalisation dans un premier temps
    • Automatisation du processus de mise en ligne en étude
    • Les critères "les spécimens d'une espèce" et "les spécimens d'un épithète spécifiques" font débat, les usages variant suivant les disciplines, certains considérant que l'espèce désigne le nom binomial complet et d'autres l'adjectif. Finalement on retient les libellés :
      • "Les spécimens d'une espèce (binôme)"
      • "Specimens from a species (binomial)"
      • "Les spécimens d'un épithète spécifique (sans genre)"
      • "Specimens from a specific epithet (no genus)"
    • Patrice propose de séparer les critères par catégories avec un titre "recherche de spécimen" pour alléger la dénomination des critères. Ça semble un bon départ pour la prochaine version de colweb.
  • Jacim
    • Pas de déploiement planifié : Les poissons devront vivre quelque temps avec l'"Alt_insert" du tableur, contournement possible par liste de critère saisi dans un fichier et importé
  • Développement autour des bases de collection
    • Le moléculaire est étendu aux autres collections qu'INVMAR
    • Taxamatch qui permet de faire de la "logique floue" sur les noms scientifiques est développé sous la forme d'un web service pour être intégrable à Jacim
    • L'onglet conservation du Tableau de bord va être complété d'ici la fin de l'année, la validation du nombre de spécimens par les chargés de conservation sera nécessaire
  • Structure des bases de spécimens
    • La base Jardin, comme Sonnerat passe à la classification APG. La discussion sur les "bonnes pratiques" pour la structuration de la base de données est reportée en l'absence de Roseline et Cécile.
    • Dario a progressé sur la convergence PALBOT/PALINV : on devrait pouvoir créer PALAEO avant la fin de l'année
    • Nouvelle base de Oligochètes et d'Hirudinées rejoint COLLVERS
  • Divers
    • Laurent propose une application Web pour l'import des photos, qui reste l'une des fonctions les moins conviviales de Jacim
    • GEO.PAYS reprend les codes ISO de manière centralisée pour éviter leur variations dans chaque collections. Accès à donner aux poissons.
    • Besoin d'un gestionnaire de bugs
      • Mantis utilisé dans le cadre de la refonte de l'INPN semble être un bon candidat
      • Le choix sera fortement influencé par le successeur de Gédéon (Service Desk LANDESK)

6 Octobre 2010 #

Participants : Pierre Lozouet, Laurent Albenga, Berenger Dulac, Simon Chagnoux
  • Elements marquants de TDWG2010
    • Tendance générale à la simplification des standards et des techniques mise en oeuvre pour les implémenter
    • Le GBIF promeut la mise a disposition des données specimen sous forme de ressources (fichiers plats) plutot que de WebServices (biocase,digir,tapir)
    • Dwc/A est prometteur pour échanger simplement des nomenclatures (checklists,flore,faune) et pourrait devenir un standard
    • Pas de groupe de travail actif sur la géographie
  • Priorités pour la fin de l'année
    • Accompagner les collection souhaitant éditer leur bordereau de prêt avec Colhelper
    • Tableau de bord
      • quelques indicateurs en plus
      • l'onglet conservation doit couvrir l'ensemble des bases de specimens hébergées à la DSI
  • Jacim
    • Bien que la priorité soit colhelper et le tableau de bord, on corrige toujours les éventuels bugs bloquants
    • Combo Box
      • ont été retirées de la version en production car bloquaient certains cas d'utilisation
      • vu qu'elles impactent tableur,editeur et assistant de saisis elles comportent un risque de regression important
      • à intégrer à une version 2.2
    • Version 2.2. en 2011
      • Utilisation des couches de mapping pour introduire (un peu) de "métier" dans Jacim
      • Ce "métier" permet de réduire la volumétrie des combo box, par exemple n'afficher que les espèces d'un genre
      • Faire évoluer l'Editeur vers une "fiche specimen"
    • Import de photos
      • Industrialiser le developpement de Theo ?
  • Colweb
    • Publication web de invmar
      • Pierre Lozouet OK
      • ajout d'une colonne WEB dans la vue WLOT si pas déjà fait
      • Sebastien doit valider le composeur
      • Pierre enverra à Simon le critère pour identifier les TAXON_LIBRE à splitter
    • A la suite des demandes répétées de l'entomo on ajoute un critère "par épithète spécifique"
    • Validation sur le catalogue des poissons
  • Divers
    • discussion sur la perennité des RFIDs
    • démarrage de l'édition d'etiquettes spécimen avec imprimante thermique à l'entomo

22 septembre 2010 - Point Composeur#

Présents : Laurent Albenga, Aude Andouche, Angel Anta, Thierry Bourgoin, Simon Chagnoux, Bérenger Dulac, Laurent Fauvre, Cécile Gangloff, Roseline Grouard, Pierre Lozouet, Franck Muller, Laure Pierre, Sébastien Soubzmaigne

Ce point Jacim était en fait une réalisation collective de la présentation Web des invertébrés marins. Plusieurs points pouvant faciliter l'utilisation du composeur ont été notés :

  • Faire (enfin) fonctionner les sous-conditions
  • Étudier une éventuelle élimition de l'indentation des paragraphes à 10

8 septembre 2010#

Présents : Laurent Albenga, Simon Chagnoux, Pascale Chesselet, Dario De Franceschi, Olivier Durbin, Gilberto Marani, Franck Muller

Note une partie du texte a été barré par Bérenger postérieurement à la réunion pour mettre en évidence ce qui a été implémenté.

  • Version de Jacim 2.1-g mise en validation durant l'été
    • Retour favorable des betas testeurs ("c'est dans le sens de ce que les utilisateurs veulent")
    • Les points suivants doivent être réglés sur les comboboxes pour passer en production :
      • Ajout d'un bouton Rafraîchir à côté des comboboxes
        • Pourvu d'une info-bulle (sur les postes qui les affichent !)
        • ne déclenche aucun affichage particulier lors du clic, hormis un "sablier"
      • Correction d'un bug de sélection de valeur initiale vide sur les comboboxes dans l'assistant de saisie
      • Activation de l'autocomplétion lorsqu'on colle une valeur dans une combobox
      • Lors de l'activation de l'autocomplétion dans une combobox, centrage de la sélection dans la liste
      • Réglage d'une problème d'affichage lors du remplissage initial de la combobox (entraîne une perte de valeur lors d'une correction (éditeur))
      • On conserve néanmoins le clic-droit, indispensable quand l'aide automatique n'est pas activée, d'autant plus que pour certains champs les listes sont beaucoup trop longues (> 1 millions de codes barre herbier par exemple)
      • Correction d'un problème de perte de valeur à la première focalisation lors d'une correction
  • Fusion des bases d'entomologie
    • Pas de retours des utilisateurs pendant la période des congés
  • Présentation composeur - Avis à ceux qui veulent mettre en forme leurs données
    • Démonstration d'une création de composeur le 22/9
    • Le composeur créé à cette occasion sera la fiche WEB invmar
    • Pierre Lozouet doit venir (ou envoyer Sebastien) pour préciser le contenu de cette fiche
  • Affichage Web des collections
    • Les utilisateurs réclament des caractères "joker" (* ou %) pour la recherche avancée
    • Olivier Durbin repose la question de l'affichage des determinations désuètes sur les URLS en http://coldb.mnhn.fr/ScientificName/... pour lesquels le choix est de limiter l'affichage aux actuelles, Jacim permettant bien sûr les autres recherches
    • Ajout d'un outil permettant de ré-éditer en PDF les planches d'étiquettes INVMAR
      • Simon fera un essai à partir des modèles de documents que Gilberto lui précisera

23 juin 2010#

Présents : Patrice Pruvost, Franck Muller, Dario De Franceschi, Pierre Lozouet, Bérenger Dulac, Simon Chagnoux
  • Consolidation des bases
    • Arthropodes terrestres
      • Franck Muller a terminé le scriptage, contact Laurent/Simon à prendre rapidement pouvoir ouvrir la nouvelle base
      • Les nouvelles saisies se feront en se calant sur les zones géographiques du TDWG
      • tracages des crétaions et modifs : USERMAJ et USERCRE en plus d'UIDMAJ et d'UIDCRE
    • Invertébrés marins
      • Angel a terminé les crustacés
      • Céphalopodes pas intégré, Pierre considère que ca peut être règlé par Gilberto en faisant des imports
      • Polychètes et Cnidaires moiss urgent à prévoir en 2011
  • Evolutions Jacim
    • travaux en cours sur le composeur
    • version à évaluer plannifiée pour mi-juillet
    • La constructions d'URL dynamiques deviendra possible
    • Bérenger montre deux présentations différentes : le groupe retient que la sélection des champs à ajouter se fera dans le panneu droit
    • Les utilisateurs souhaitent que le glisser/déplacer des articles fonctionne en toutes circonstances

  • Pages WEB
    • L'ajout des liens dynamiques peut inciter à offrir une navigation vers des pages de références. On pourrait imaginer :
      • par campagne
      • par recolte
      • par récolteur
      • par station
    • Difficultés
      • Pas d'identifiant unique MNHN pour tout ces objets alors qu'on en a un pour les spécimens
      • Volume important (20000 spécimens ramenés par certain récolteurs)
      • La notion de récolte n'a pas vraiment d'équivalent en Zoologie (à rediscuter avec botanistes)
    • Patrice aimerait mettre en ligne un catalogue de tissus

26 mai 2010#

Présents : Aude Andouche, Bérenger Dulac, Simon Chagnoux
  • Formation
    • Assuré par Patrice le 10 juin
    • 17 inscrits à ce jour
  • Livraison Jacim
    • Contenu
      • Refonte de l'éditeur
      • Limitation de la taille de la partie supérieure de l'assistant de saisie
      • Plus de tri entre les opérations
    • Test
      • L'appli est en test sur ce lien et en version 1 Giga
      • Compte-tenu de la refonte de l'éditeur, cette des tests utilisateurs sont indispensables pour compléter ceux de la DSI
      • Ebauche de cahier de test sur Jacim_Tests
    • Demandes utilisateurs
      • positionner l'ascenceur en bas de la partie supérieure de l'assistant de saisie
      • pouvoir cacher complètement cette partie en 1 clic
      • la sélection des enregistrements modifiés par un "corriger" est retenue, elle est même particulièrement pédagogique pour montrer au débutant la différence entre changer et corriger

5 mai 2010#

Présents : Aude Andouche, Thierry Bourgoin, Marc Pignal, Dario de Francesci, Patrice Pruvost, Bérenger Dulac, Simon Chagnoux

Excusés : Gilberto Marani

  • Formations Jacim
    • débutant planifiée début juin
    • Aude pas disponible comme formatrice
    • "Composeur INVMAR en direct" en juin aussi par Bérenger
  • Développements Jacim
    • Evolution centrée sur l'éditeur pour la fin mai
    • Amélioration du composeur pour la mi-juillet
  • Fusion des bases
    • proche du terme, mais sans Angel ni Franck, difficile de faire le point.
    • Marc rappelle que des que la nouvelle base entomo est ouverte, Rennes souhaite l'alimenter (en araignée)
  • Visibilité sur le web
    • Démonstration des liens tropicos, orchid foundation et St-Hilaire
    • Bug d'export PDF, Sylvain adressera un exemple à Berenger
    • Même si la valeur de 5 fiches par défaut semble petite sur le réseau local Muséum, elle est adaptée quand on a des spécimens avec photos et une connexion de débit moyen.
    • Difficulté d'arrêter un cahier des charges pour choisir un "imageur" dans l'offre existante
    • Thierry évoque la possibilité pour les insectes de photographier les boites avec une résolution permettant de zoomer pour avoir une vision de qualité des spécimens.
    • Marc Pignal propose d'animer in groupe de travail sur la "visite virtuelle"
      • Définir les principes d'annotation
      • Spécifier l'imageur
      • Imaginer la présentation
      • Spécifier les caractéristiques de l'imageur
      • Première réunion le 30/6 de 10 à 12 en Salle de Réunion Malaco
  • Tableau de bord
    • Quelques précisions sur le mode de calcul
    • Sans être intégrées au tableau, des stats d'accès aux fiches web specimens vont être disponibles à la DSI
    • Onglet conservation
      • Renseigner les actes de conservation en base semble difficile
      • Correction à apporter sur les poissons
      • Invmar et Entomo à intégrer après fusion
      • Pareil pour Palaeo
  • Colhelper
    • Déploiement le 3/5 d'une version mineure avec des ajustements sur les bordereaux de prêts (bilingue !)

24 mars 2010#

CR à rédiger

10 mars 2010#

Presents : Frank Muller, Marc Pignal, Angel Anta, Pierre Lozouet, Laurent Albenga, Patrice Pruvost, Gilberto Marani, Virginie Héros, Bérenger Dulac, Simon Chagnoux

Excusés : Aude Andouche, Dario de Francesci

  • Fonctionnalités Jacim
    • deux nouveaux déploiement effectués depuis le point du 17/2
    • Consensus obtenu sur les tris dans l'éditeur :
      • Si il y a un tri automatique il est effectué à l'ouverture d de l'éditeur (Pas du tableur, PP)
      • En cas d'ajout, les nouveaux enregistrements apparaissent à la fin sans tenir compte du tri automatique
      • En cas de modification de clé étrangère, la partie gauche est actualisée (pas clair en réunion)(Commentaire PP, il me semble que nous avions plutôt dit que la partie gauche n'était plus triée tant que nous ne lancions pas de tri manuellement)
      • On peut toujours cliquer sur le bouton trier pour remettre de l'ordre
    • Choix de l'onglet par défaut de l'éditeur
      • Le composeur s'affiche SEULEMENT si il y un composeur par défaut pour ce modèle de document
      • Déploiement "en urgence" de cette correction la semaine prochaine
    • En cas de zoom sur le composeur dans l'éditeur, il faut redimensionner dans la mesure du possible la zone de présentation
    • La malacologie perd toujours des modèles de composeur, ce sera éclairci si possible avant la prochaine version
  • Modèle de données
    • Plusieurs bases de collections (paléo, entomo, poissons, malaco) contiennent de la bibliographie et les choix de structurations sont différents
    • Après discussion, pour les nouvelles bases, ou les bases issues de fusion, on retient les principes suivant :
      • La bibliographie est réunie dans une table unique au schéma et appellée BIBLIO
      • La BIBLIO contient les articles et autres publications mais ne précise pas les N° de pages exacts ou sont mentionnés les spécimens
      • Cette table n'est pas reliée directement au SPECIMEN ou au TAXON mais à la table DETERMINATION qui contient un BIBLIOFK
      • Cela élargit l'usage de la table DETERMINATION , puisque si deux articles mentionnent le spécimen sous le même nom scientifique, il y aura deux entrées dans cette table
      • On peut éventuellement ajouter une colonne à DETERMINATION permettant de distinguer les "citations" des nouvelles détermination (exemple colonne ACTE dans GICIM)
      • Il pourrait à terme y avoir des liens vers BIBLIO à partir d'autres entités (discussions autour des CAMPAGNEs et des SONs d'insectes)
      • Quant on souhaite conserver les numéros des pages citant le spécimens (ou la CAMPAGNE ou le SON) on utilise une colonne alphabétique située dans la même table que la clé étrangère vers BIBLIO
    • Invertébrés marins
      • Angel a commencé la migration des crustacés, la normalisation de la géographie s'avère longue.
      • Pour les ascidies, la géographie sera reprise sous forme de commentaire libre afin de pouvoir avancer
    • Entomologie
      • Frank a migré les Hymenoptères, Diptères, Coleoptères et Hemiptères, à l'exception des prets (repris dans colhelper) et de la biblio (voir discussion ci-dessus sur le modèle de données)
  • Evaluation Specify
    • La version d'évaluation est maintenant la 6.1 pour laquelle 5 bases de tests sont disponibles sur le serveur jupiter de la Dsi
  • Formations
    • Initiation Jacim à prévoir (Aude ?)
    • Le composeur web pour les invertébrés marins sera fait fin mai en direct et en groupe (videoprojecteur), ce sera l'occasion de faire le point avec Bérenger sur les fonctionnalités du composeur.

17 février 2010#

Présents : Frank Muller, Gilberto Marani, Aude Andouche, Laurent Albenga, Marc Pignal, Pierre Lozouet, Romain Causse, Patrice Pruvost, Bérenger Dulac, Simon Chagnoux
  • Jacim
    • Simon reprécise la manière de créer un raccourci sur le bureau détaillée dans Jacim_Demarrage
    • Le système de logging des erreurs permet indirectement d'avoir une idée de l'activité. Les utilisateurs en acceptent le principe.
    • Discussion autour de la demande de Gilberto de pouvoir rechercher une station à partir du nom de campagne. Ca complexifie considérablement la recherche JACIM. Le besoin n'est pas partagé par les autres ensembles. La DSI proposera une solution Oracle spécifique (vue ou trigger)
    • Suite à la demande de Romain, il est décidé que si l'on ne tape aucun critère dans une étape de recherche on reste sur la même étape. On peut avancer avec le raccourci clavier du bouton "Sauter"
    • Le dédoublonnage de liste complexes souhaité par Marc peut être effectué en saisissant des opérateurs OU dans le tableur
    • correctifs prioritaires :
      • problème de focus pour les champs en "aide immédiate"
      • signalisation des contraintes d'intégrités
      • supprimer la pop up en fin d'ajout tableur
    • pas de consensus sur la manière de trier et déplier sous éditeur
  • Specify
    • Laurent suggère de s'inspirer des fiches Specify pour faire évoluer la partie droite de l'éditeur :
      • bouton de navigation suivant/précedent
      • bouton d'ajout
      • bouton de suppression ?
      • Néanmoins la transposition du modèle de document pour savoir ou placer les boutons n'est pas triviales --> la DSI proposera une interface utilisateur lors de l'un des prochains points jacim
    • On reprendra aussi le principe d'une double distribution : une supplémentaire avec une machine virtuelle de 1 Go pour les utilisateurs avancés disposant de la mémoire suffisante.
    • La plate-forme de test n'est plus disponible depuis le changement de version
    • Si la mise à jour suppose l'intervention du support US, la DSI recréera une base de test vierge
  • Colhelper
    • Remettre colhelptest en service
    • Toujours en attente du feu vert de la botanique pour lancer le transferet définitif des anciens prêts dans le nouveau système

3 février 2010#

Présents : Frank Muller, Laure Pierre, Thierry Bourgouin, Angel Anta, Laurent Albenga, Dario de Francesci, Pierre Lozouet, Bérenger Dulac, Simon Chagnoux
  • Jacim
    • Nouvelle version disponible en test sur ce lien.
    • Même si les nouvelles fonctionnalités restent modestes (voir Jacim_Version) elle a demandé une réécriture importante et ne pourra être déployée qu'après des tests d'importation (ajout auto) complémentaire par l'entomo et les reptiles.
    • L'option "copie" du configurateur permet d'éviter la ressaisie de longues séries de valeurs semblables
    • Dario insiste sur les faiblesses de l'interface, en particulier pour l'affichage des résultats après une recherche, qui freine l'adoption par les enseignants chercheurs de paléontologie.
    • Le développement continue !
  • Modèles de données
    • Nécessité d'une réflexion sur la bibliographie
    • Fusion en cours à l'entomo (Frank Muller) et aux invertébrés marins (Angel Anta)
    • Pierre Lozouet rappelle que le travail sur les données mérite d'y affecter du personnel ayant une bonne familiarité des outils informatiques
  • Specify
    • Simon mettra à jour la version en février
    • la fusion entomo se fera sous Jacim, l'évaluation se poursuivra sur la base fusionnée
  • Numéros d'inventaires
    • Dario décrit des situations ou les numéros de terrain sont utilisés pour référencer les spécimens dans des publications faute de numéros patrimoniaux.
    • Simon rappelle l'existence de la Faq_Numero_Inventaire
    • Thierry confirme que cette Faq est validée par la DirColl
  • Colhelper
    • Fonctions de recherche pas réalisables au premier semestre sans renfort de l'équipe
    • L'entomo reviendra a une structure avec dispatcher unique (à confirmer par Nel/Albenga)
  • Informations diverses
    • L'absorbtion du flux de donnée de l'herbier (17 000 saisies/jour fin avril) est une priorité
    • Géothèque virtuelle
    • Nécessité de renforcer la DSI en développement Java
      • Différentes pistes de financement
      • Recrutement en cours d'un CDD 3 mois pour la base moléculaire
      • Mutualisation possible avec le SPN

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