Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)
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Groupe_Jacim_Archive_2011

Points Jacim de 2011#

7 décembre 2011#

Présents: Aude Andouche, Roseline Grouard, Gwenaël Lebras, Laurent Randrihasipara, Bérenger Dulac, Simon Chagnoux
  • Traitements des données Campagne en amont de l'entrée en collection
    • Basexp commence d'être utilisé
    • Nécessité de s'assurer que les méthodes des malacologues pour enregistrer les tris avec Jacim "dans INVMAR" peuvent être prises en compte
      • A voir le 11/1
  • Jacim easy
    • Pas de retour utilisateur
  • Bilan de fin de visite
    • En plus de ce qui avait été retenu lors des points jacim de l'été, colhelper pourra associer à une visite, en plus d'une estimation du nombre de lot examinés, la liste détaillée du matériel visité
    • présentation du prototype
    • problème de mapping pour les cnidaires
    • accueil favorable des utilisateurs

16 Novembre 2011#

Présents: Laure Pierre, Laurent Albenga, Gwenaël Lebras, Laurent Randrihasipara, Bérenger Dulac, Simon Chagnoux
  • Éléments marquants de TDWG 2011
    • La Numerisation massive avec informatisation limitée semble une tendance de fond pour les collections
      • En entomo aussi !
    • Conséquence directe du "Crowdsourcing"/Science participative pour enrichir les bases de données.
      • Un projet de ce type "LesRecolteurs" prévu pour 2012 au MNHN
    • OCR
      • expérimentation en cours avec l'herbier d'Edimburg pour les caractères dactylographié
      • quand on s'attaquera à l'écriture manuscrite, Spar est un bon candidat
  • GBIF
    • Le moissonnage en Darwin Core Archive s'est bien déroulé
    • Résultats visibles sur le portail du GBIF en décembre
    • Laurent n'a pas encore obtenu les descriptions des collections en entomo (fichiers meta.xml)
  • Développement en cours
    • Migration Tomcat 7
    • Fonctions de bilan de fin de visite ajoutées à colhelper
    • Mise en place d'un intranet des collection qui regroupera avec une authentification unique
      • colhelper
      • le tableau de bord
      • le wiki (et donc le lancement de Jacim)
  • Intranet des collections
    • URL accueil = http://collections.mnhn.fr/
    • La page d'accueil sera constituée avec le wiki
    • le menu gauche du wiki permettra le lancement des applis
    • Jacim sera lancé en 2 clic pour permettre de choisir entre la version lègère, celle d'1Go et la version "easy"
    • Laurent propose des icones en forme d'escargot ou de jaguar ;-)
  • Collections exposées
    • L'informatisation actuelle est émiettée dans un ensemble de bases bureautiques plus ou moins redondantes
    • Souhait de constituer une base commune en 2012
  • Jacim, retours utilisateurs
    • Toujours pas suffisament d'éléments pour qualifier les innovations de Jacim_easy
    • Laurent va le tester en entomo
    • L'augmentation des volumes rend l'outil d'aide sur les épithètes spécifiques à la limite de l'utilisabilité

12 Octobre 2011#

Présents: Laure Pierre, Aude Andouche, Pierre Lozouet, Bérenger Dulac, Simon Chagnoux
  • Jacim
    • Version v2_1_h stabilisée
    • Pas encore de retour sur l'expérimentation de jacim_easy
    • Liens relationnels supplémentaires pour mettre en relation les bases de collection et
      • un référentiel géographique commun (alimenté par le SPN pour la France)
      • un référentiel de nom scientifiques alimentées par différentes autorités dont le Taxref INPN
    • Invertébrés marins
      • Les cnidaires partagent le referentiel des stations INVMAR. Les lots seront transférés avec comme N° d'inventaires IK-2006-xxxxxx ou xxxxxx est l'actuel numéro dans CNIDARIA
      • INFRA_CLASSE nécessaire
      • Le versement des photos de Nicolas Puillandre ayant bien marché on ajoute le critère "seulement les spécimens photographiés" dans l'interrogation web
  • Colhelper
    • La fonction de bilan de visite sera ajoutée avant la fin de l'année
    • Les participants sont plutôt favorables à une simplification de colhelper :
      • Demande d'avis, Demande d'action, Suivi, Repondre à un avis, Répondre à une action seraient remplacés par "Écrire à un collègue"
      • Message, Demande d'avis seraient remplacés par "Ecrire au demandeur"

14 septembre 2011#

Présents: Gwenaël Lebras, Laurent Randrihasipara, Cécile Callou, Sophie Kerneur, Laure Pierre, Patrick Boussès, Patrice Pruvost, Dario De Franceschi, Mohammed Berkani,Sandra Daillie, Bérenger Dulac, Simon Chagnoux
  • BadHoBio
    • Ce projet porté par Cécile Callou a été déposé dans le cadre des Equipex, il vise au développement pendant 8 ans de bases de données scientifiques centrés sur les hommes et la biodiversité.
    • Réponse début 2012
    • Même si il ne concerne pas directement les collections, il y est lié par des référentiels communs (taxonomie, personnes, géographie, bibliographie, ...)
  • Jacim v2-1_h
    • Cette nouvelle version a été déployée le 13/9
    • Le détail des améliorations figure sur Jacim_Version
    • La fonction modifié des import des photos doit être testée avec des volumes réels
      • Tests prévus avec Nicolas Puillandre dispose de 20000 photos d'invertébrés déja nommées avec des N° d'inventaire
      • La Palaeo dipose aussi de photos
      • Mini formation à planifier avant la fin du mois pour lancer ces tests
    • Régressions constatées lors du déploiement
      • L'aide à la saisie ne permet plus d'effacer une cellule : sera rectifiée dans la journée
      • L'aide à la saisie pas disponible dans la partie gauche du tableur : on peut l'obtenir par clic droit ou dans la partie droite
      • Le changement de la gestion des lignes d’entête depuis la 2.1g ne permet pas de réimporter certains fichiers : à rétablir dans la prochaine version
    • Raccourcis clavier
      • Tableur : en ajouter un pour "Remplacer la sélection"
      • Assistant de saisie : celui pour "Précédent" ne fonctionne pas toujours
  • Jacim-easy
    • Cette variante de Jacim a deux objectifs
      • Masquer les fonctions difficiles (configurateur) qui effraient les néophytes
      • Proposer des présentations alternatives à certaines fonctions :
        • "combo box" au lieu d'aide en liste
        • ajout en plusieurs étapes dans l'éditeur
        • utilisation au delà de 600 pixels des grilles de saisies
      • En fonction des retours d'expérience, certaines de ces fonctions seront migrées dans le Jacim classique
  • Site web des collection
    • Simplifier le système des boites à cocher dans la présentation des résultat
    • La recherche par département en Palaeo ne fonctionne pas toujours
      • Après analyse, il s'avère que le critère n'est pas assez discriminant et que le volume retourné dépasse la capacité du système ... mais aucun message n'en informe l'utilisateur
  • Colhelper
    • Correctif déployé pour permettre le changement des mots de passe
    • Reptiles : peu de borderaux de prêts édités
    • Pas de développement avant la fin de l'année pour le "créer comme" ou un "reprendre la main" pour le dispatcher
  • Alimentation du GBIF
    • Retard dans la mise en place du nouveau circuit, Copenhague a dû modifier le système pour mieux gérer l'encodage des accents français
    • Le nombre de reptiles indexés par le GBIF est anormalement faible. Néanmoins inutile de solliciter le GBIF France puisque l'on met en place un nouveau circuit qui permet de réutiliser le mapping fait par la DSI.

29 Juin 2011#

Présents: Gwenaël Lebras, Laurent Randrihasipara, Cécile Callou, Pierre Lozouet, Aude Andouche, Laure Pierre, Mohammed Berkani, Sebastien Soubzmaigne, Bérenger Dulac, Simon Chagnoux
  • Formation "Jacim débutant" à la rentrée le 15/9 : il reste des places disponibles
  • Le Muséum renforce son informatique scientifique
    • 2 postes à la DSI
    • Création d'une Unité Mixte de Service CNRS/MNHN "Bases de données scientifiques" encadrée par Cécile Callou
  • Publication Darwin Core Archive
    • Données soumises au GBIF. En attente de réponse de Copenhague.
  • Deux déploiements prévus pendant l'été :
    • Version mineure de Jacim
    • Colhelper avec création des spécimens prétés en base
  • Thomas Grenon souhaite changer le site institutionnel http://www.mnhn.fr ; cahier des charges en redaction avant septembre. Concernant les collections voici les propositions du groupe Jacim :
    • Mieux distinguer les collections qui sont aujourd'hui noyées dans "le muséum des scientifiques" ... peut être une structure calée sur les missions du muséum
    • Les collections mentionnées sur la page d'accueil
    • Que la boite de recherche du site institutionnel indexe aussi :
      • les fiches specimens
      • les fiches de l'INPN
    • Mettre un lien colhelper sur les pages de chaque collection
    • Indiquer aussi la composition des équipes dans les pages de chaque collection
    • Mais laisser aussi un lien colhelper sur la page "équivalente" à celui ou il est aujourd'hui pour assurer une continuité
    • Recherche de spécimen
      • Une présentation plus épurée que l'actuel http://coldb.mnhn.fr/
      • Une recherche multi-collections
      • Un lien "Rechercher dans la bases de données" sur les pages de chaque collection plutôt qu'une page avec tout les catalogues
      • Quid de l'affichage du nombre associé à chaque réponse ?
      • Indiquer le pourcentage de couverture de la base de données pour chaque collection
      • L'étape "liste synthétique" doit préciser le nombre de résultats

8 Juin 2011#

Présents: Cécile Callou, Thierry Bourgoin, Pierre Lozouet, Laure Pierre, Dario De Franceschi, Mohammed Berkani, Sebastien Soubzmaigne, Bérenger Dulac, Simon Chagnoux

Excusée: Aude Andouche

  • Publication des bases de collection sur le GBIF en Archive DwCA
    • Le développement est terminé et les tests sont satisfaisant
    • Premières soumission au GBIF en juin
    • Simon diffusera au chargés de collections concernés un document "dublin core". Ceux-ci les compléteront pour donner une image plus précise du jeu de données
      • importance de nommer les contributeurs
  • Formation JACIM
    • Une formation "JACIM débutant" en Septembre
    • Un grand merci à Sebastien Soubzmaigne qui l'assurera à partir des support de cours existant !
    • Peux être une deuxième session le même mois, en fonction :
      • Des nouveaux candidats que chaque annonce de formation fait surgir
      • De la communication DirColl envers les enseignants chercheurs
    • Pas de formation avancé généralistes mais deux sessions centré sur des bases particulières à assurer par Simon Chagnoux pour
      • Les reptiles et amphibiens
      • La paléontologie
  • Gestion des visites dans Colhelper
    • Cette priorité de la DirColl ne suscite guère d'adhésion auprès des utilisateurs. Les principaux demandeurs, les botanistes, s'étant désinvesti du projet.
    • Néanmoins la nécessité de disposer de dates effectives de visites en plus des prévisionnelles est un besoin reconnu par les participants du groupe Jacim.
    • Le moment pertinent pour enregistrer ces valeurs dans colhelper n'est pas l'acceptation mais la clôture, compte-tenu des aléas de dernière minute.
    • Une estimation du nombre de lots consultés fait aussi partie du "bilan" d'une visite
    • En revanche l'idée de chiffrer le volume d'"expertise scientifique" mobilisé n'est pas retenue. On peut toujours l'estimer à partir d'un ratio sur le nombre de jours de visite
  • Déploiement Jacim avant les grandes vacances
    • Périmètre :
      • les évolutions actées lors du point du 18 janvier
      • Un correctif sur les plantages lors des imports complexes(entomo et palaeo)
  • Moléculaire
    • Bienvenue aux vers de terre du Mercantour qui bénéficieront des développement faits pour Marbol
  • Rapprochement des référentiel avec l'INPN
    • Une opportunité pour améliorer les référentiels avec probablement un renfort humain ponctuel pour cette opération
    • Les collections volontaires peuvent se signaler à la rentrée
    • La paleo n'est pas forcément hors champ même si elle s’intéresse à une biodiversité révolue !
  • Retour sur l'édition des bordereaux de prêt chez les reptiles :
    • Cadrer l'adresse du destinataire avec la fenêtre d'une enveloppe (Laure fournira un modèle d'enveloppe à la DSI)
    • Changer les libellés des numéros :
      • Numéro de demande au lieu de N° de prêt
      • Numéro de prêt au lieu de N° historique
    • Mettre un entête ou un pied de page avec une numérotation
    • Ajouter aux engagement demandeurs :
      • "- a communiquer au MNHN les publication résultantes des travaux sur ces spécimens"
  • Acronymes
    • La DirColl représentée par Thierry Bourgoin , valide que l'acronyme définitif pour les reptiles et amphibiens est RA (au lieu de VR)

18 Mai 2011#

Participants : Cécile Callou, Aude Andouche, Pierre Lozouet, Laurent Albenga, Patrice Pruvost, Mohammed Berkani, Bérenger Dulac, Simon Chagnoux
  • Comité de pilotage SI
    • C'est une instance ou participent l'ensemble des directions
    • Elle a décidé du démarrage de 4 projets liés aux données de collections :
    • 1) Outils de saisie sur le terrain (500 k€ financés par le ministère ?)
      • Fonctions entrant dans le périmètre de CardObs de l'INPN mais aussi de BasExp
    • 2) Centralisation des métadonnées (de quelle nature ?)
    • 3) Relier dynamiquement les données de collection et de l'INPN
      • Réunion de lancement lundi 23 mai
    • 4) Etablir un réfrentiel des stations d'observation et de collecte
      • rejoint les discussions Jacim du 6 avril
  • Jacim
    • Une version a été déployée pour pouvoir tourner sur tout les postes Windows 7
    • Formation débutant à prévoir --> Pierre propose à Sebastien Soubzmaigne de l'animer
    • Pour les imports de plus de 10000 lignes réalisés sur PALAEO, le succès repose surtout sur la préparation des données et la limitation du nombre de colonnes
  • Colhelper
    • Une nouvelle version a été déployée en mai avec des fonctions de recherche et une URL commune demandeur/gestionnaire
    • Les vertébrés (poissons et zac) utilisent des boites aux lettres collectives à la place des comptes nominatifs. Cette pratique complique la tracabilité et oblige les utilisateurs à jongler avec plusieurs compte mais permet de contourner certaines limites de colhelper
      • L'absence ou l'indisponibilité du dispatcher
      • Le "écrire à plusieurs destinataire"
      • Le partage d'un historique (ce n'est plus vrai depuis l'ajout des fonctions de recherche !)
    • Les utilisateurs concernés souhaitent garder ces boites même si colhelper est amélioré sur ces points limitants
    • Une fonction "créer comme" est souhaitée pour permettre au gestionnaire de requalifier une demande (ex question-->image) ou de l'éclater (ex : visite --> visite + prêt)
  • Citations
    • Comment citer dans un article un catalogue de collection accessible sur le web ?
      • Formulation retenue :Muséum National d'Histoire Naturelle, Collection database,
      • A afficher sur le site coldb
      • exemple : "Muséum National d'Histoire Naturelle, Collection database, Herbarium Specimens, 2011-05-18, http://coldb.mnhn.fr"
    • Comment citer une photo ?
      • Pas de décision
    • Comment citer une fiche spécimen ?
      • Les gestionnaires de collection, peuvent mettre en place une citation avec le composeur
      • Peut être intéressant de faire figurer les chargés de conservation pour valoriser leur travail
  • DwCA : Darwin Core Archive
    • Un protocole technique plus compact pour publier sur le GBIF
    • Mise en place fin mai
    • Mise en correspondance des champs assurée par la DSI
    • Toutes les collections visibles sur le WEB seront publiées
    • Fichier de méta-données à compléter par les chargés de conservations

6 Avril 2011#

Discussion informelle : Pierre Lozouet, Berenger Dulac, Simon Chagnoux
  • Pierre est assez critique sur BasExp :
    • Beaucoup de réunions sans qu'il y ai vraiment consensus
    • Il redoute une saisie plus complexe que dans INVMAR
    • L'ajout des lots lui semble complètement décalé par rapport aux besoins de son UGC
  • Nécessité de proposer un référentiel géographique préalimenté pour faciliter la saisie dans les différentes collection
    • Aujourd'hui la DSI propose juste GEO.PAYS
    • A peu près la moitié des collectes d'invertébré hors campagene océano sont en France metropolitaine
    • Choix difficile de l'autorité de réference :
      • Compilation MNHN d'autres referentiel dont l'IGN ?
      • Saisie MNHN ?
      • getty ? recommandé par gbif mais pas terrible pour la france
      • projet colaboratif type geolocate ?
  • Des codes barres pour les collections sèches
    • 2 techniciens recrutés pour octobre
    • Pierre rêve de saisir 100000 lots en 6 mois grâce aux douchettes
    • La DSI prète à s'investir
    • Peut être des synergies avec la graineterie

2 mars 2011#

Participants : Roseline Grouard, Aude Andouche, Laurent Albenga, Marc Pignal, Berenger Dulac, Simon Chagnoux
  • Numérisation des registres d'entrée en collection
    • Le projet ambitieux de la DirColl pour tout numériser dans une optique de sécurisation n'a pas vu le jour, mais il existe des initiative isolées :
      • récollement en anthropo
      • scan de 3 ou 4 cahiers entrées/prêts de 200 pages prévu en 2011 par l'entomo
      • herbier de Jussieu
    • Estimation Dircoll
      • 130 000 pages --> 130 000 euros pour scanner
      • 1 000 000 euros pour saisir les données scannées
    • La DSI établira une structure transverse (REGISTRE ?) comme pour MOLECULAIRE ou GEO
      • possibilité de lier le spécimen à la page du cahier concerné
      • éventuellement la fiche composeur web peut montrer la page du cahier (utile si la ligne d'entrée contient des informations non rentrées en base)
      • Structure minimale :
        • Page (N°, url du scan, volume)
        • Ligne (type de mouvement,année ou date)
  • Présentation de la recherche multi-critères de demandes colhelper
    • L'interface est facile à appréhender
    • Ajouter un compteur du nombre de résultats
    • Bug si aucun critère !
    • modifier les libellé de l'intervalle en "entre le" ... "et le"
    • un critère "prêts non retournés" faciliterait les relances
    • étonnant de ne pas retrouver les sous collections d'arthropodes ?
  • Informatisation "a minima" des spécimens lors de la saisie du bordereau de prêt
    • La DirColl soutient cette demande de l'entomo
    • On autorise cette saisie pour certains acronymes
    • la saisie libre devient alors "informatisation rapide"
      • Elle signale et bloque si le N° libre existe déjà en base
      • pas de compte rendu après création
      • Les taxons ne sont pas choisis dans une liste
      • Si, dans la base concernée, un taxon existe sans nom d'auteur il est retenu, sinon un nouveau est créé
      • les USERCRE (ou UIDCRE) sont colhelper
      • le déterminateur est le login du gestionnaire

2 fevrier 2011#

Participants : Pierre Lozouet, Laurent Albenga, Patrice Pruvost, Berenger Dulac, Simon Chagnoux
  • Présentation d'un JACIM simplifié destiné aux débutants
    • --> Peu pertinent d'après les utilisateurs, on en reste donc à la version "classique" + la version "1 Go"
  • Discussion autour du référentiel GEO : les localités ne sont pas spécifiques à une collection, comment les faire converger ?
  • à détailler ...

18 janvier 2011#

Participants : Roseline Grouard, Cécile Gangloff, Pierre Lozouet, Yves Pauthier, Simon Lang, Franck Muller, Agnèle Touret, Patrice Pruvost, Aude Andouche, Berenger Dulac, Simon Chagnoux

Excusés : Laurent Albenga, Dario De Franceschi, Marc Pignal

  • Feuille de route des collections
    • 1) Extension de la gestion des prêts à l'ensemble des collections, seule la Botanique et une partie de l'Entomologie éditent les bordereaux de prêt avec colhelper
    • 2) Spécifier une gestion des visites
      • pour gérer les dates effectives
      • les présenter dans un calendrier
    • 3) Unifier les applications (colhelper,Jacim,Wiki,Tableau de bord) dans un "intranet des collections"
    • 4) Améliorer Jacim
    • Remarques des participants
      • sur 1)
        • Virginie Heros est volontaire, démarrage le 3/3
        • Agnèle a des améliorations à demander --> réunion avec la botanique ?
        • Agnèle montre quelques spécimens pour lesquels l'accès COLHELPER n'affiche pas les informations
        • Patrice souligne la difficulté à reprendre le système actuel spécifique à l'ichtyo
      • sur 2)
        • Pierre estime que regrouper les visites dans un calendrier "invertébrés marins" à peu d'intérêt vu la spécialisation des acteurs
        • Agnèle insiste pour qu'on évite les doubles saisies
  • Import photo
    • Estimé comme le point le plus faible de Jacim par la DSI
    • Suite à la démonstration par Bérenger, l'outil semble plutôt facile à prendre en main mais pour être utilisable doit
      • permettre l'association a des spécimens avec une recherche sur plusieurs champs (numéro d'inventaire découpé sur plusieurs colonnes) quitte à imposer un caractère de séparation
      • être utilisable sur des répertoires de plus de 100 photos quitte à perdre l'aperçu ou le charger plus lentement
    • Patrice souligne l'intérèt qu'il aurait a enregistrer les suffixes dans d'autre champ que l'URL_IMAGE
    • Souhait unanime que Jacim se souvienne du répertoire courant pour les imports/exports
  • Code barres
    • La graineterie souhaite le mettre en oeuvre en 2011
    • Une majorité de spécimens déjà informatisés : le ré-étiquetage doit être facile
    • Déja des codes barres au MNHN : botanique et SSM
    • 2 choix structurants :
      • type d'etiquette et de lecteurs : 2D ou 1D ?
      • contenu du code barre : simple numéro séquentiel pré-imprimé ou numéro d'inventaire ?
    • le mode de rangement est déterminant pour faciliter le ré-étiquetage : rendez vous à la graineterie le 26 27 à 10H pour approfondir sur place

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