Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)
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Taxonomina - Doc technique - BDD

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La base de données#

Cette page liste et/ou décrit les tables, champs, vues et séquences de la base de données Oracle, à la date du 28/11/2014 (date de création de la page). La sémantique des intitulés de tables et de champs peut être précisée grâce au standard proposé par le groupe Taxonomic Names and Concepts (TNC) du TDWG ( Taxonomic Database Working Group, aujourd’hui appelé Biodiversity Information Standards). Les tableaux 1 et 2 font la correspondance entre les intitulés actuels et les termes de ce standard.

1. Les tables#

  • CONTRIBUTOR : contient les données concernant les comptes utilisateur.
  • PARONYM : contient les données concernant les noms scientifiques.
  • ONOPHOR : contient les données concernant les références bibliographiques des descriptions.
  • NAME_TAXON : lie un nom scientifique à la référence bibliographique d'une description. Crée un lien n-n entre la table PARONYM et la table ONOPHOR.
  • SPECIMEN : contient les données concernant les numéros de catalogue et de collection des spécimens-types.
  • ONOPHOR_SPEC : contient les données concernant les références bibliographiques de la désignation de spécimens-types. Lie une référence bibliographique de description à un type porte nom. Crée un lien n-n entre la table ONOPHOR et la table SPECIMEN (dans le cas d’un nom d’espèce) ou entre la table ONOPHOR et la table PARONYM (dans les autres cas).
  • RANK : contient les termes désignant les différents rangs.
  • CLASSIF_REF : contient les données concernant les références bibliographiques des classifications.
  • PUBLICATION : contient les données bibliographiques.

2. Les champs#

Table CLASSIF_REF
  • CLASSIF_REF_PK : clé primaire de la table.
  • CLASSIF_LABEL : nom ou intitulé de la classification.
  • CLASSIF_AUTHOR : nom de l’auteur de la classification.
  • CLASSIF_YEAR : année de publication de la classification.
  • PUBLIC_PRIVATE : prend la valeur numérique 1 quand la classification est considérée privée.
  • UNPUBLISHED : prend la valeur numérique 1 quand la classification est publiée, 0 quand elle n’est pas publiée, et 3 quand la publication est inconnue.
  • DATE_CREA : data de création des références bibliographiques des classifications.
  • FIRST_PAGE : numéro de page de la classification.
  • FIRST_PAGE_BHL_ID :
  • CLASSIF_PUBLI_FK : clé étrangère vers la table PUBLICATION. Renvoie à la référence bibliographique de la classification.
  • USER_CREA_FK : clé étrangère vers la table CONTRIBUTOR.

Table CONTRIBUTOR

  • CONTRIBUTOR_PK : clé primaire de la table.
  • TITLE : titre du contributeur (Dr, Pr, etc.)
  • FORENAME : Prénom du contributeur.
  • SURNAME : nom du contributeur.
  • EMAIL : email du contributeur. Sert à s’identifier.
  • PASS : mot de passe pour s’identifier.
  • JOB_TITLE : intitulé du poste occupé par le contributeur.
  • INSTITUTION : nom de l’institution du contributeur.
  • INSTITUTION_ADDRESS : adresse de l’institution du contributeur.
  • REGISTRATION_DATE : date d’enregistrement du contributeur.

Table PUBLICATION

  • PUBLI_PK : clé primaire de la table.
  • PUBLI_TITLE : titre de la publication.
  • AUTHORSHIP : noms des auteurs de la publication.
  • PUBLI_DATE : année de publication de l'ouvrage.
  • BHL_MODS_ID : identifiant BHL de la notice de référence bibliographique.
  • BHL_ITEM_ID : identifiant BHL de la référence numérisée.
  • DOI : (Digital Object Identifier) identifiant pérenne vers une ressource liée.

Table PARONYM

  • PARONYM_PK : clé primaire de la table.
  • SPEL : orthographe du nom scientifique.
  • AUTHOR : noms d’auteurs du nom scientifique.
  • PARONYM_DATE : année de publication du nom scientifique.
  • PUBLI_UNKNOWN : prend la valeur numérique 1 si la référence bibliographique est inconnue.
  • PARONYM_PUBLI_FK : clé étrangère vers la table PUBLICATION.
  • ORI_SUB_SPELLING : prends la valeur numérique 1 si orthographe originale, 0 si orthographe subséquente et 3 si l’information est inconnue du contributeur.
  • ORI_SUB_COMBI : prends la valeur numérique 1 si combinaison originale, 0 si combinaison subséquente et 3 si l’information est inconnue du contributeur.
  • CORRECT : prend la valeur numérique 1 si l’orthographe est correcte, 0 si l’orthographe est incorrecte et 3 si l’information est inconnue du contributeur.
  • RANK_FK : clé étrangère vers la table RANK.
  • PARONYM_FIRST_PAGE : numéro de page de première apparition du nom scientifique.
  • PARONYM_BHL_PAGE_ID : identifiant BHL de la page de première apparition du nom scientifique.
  • ORIGINAL_NAME_FK : clé étrangère vers la table PARONYM. Renvoie au nom original.
  • NOMINAL_SERIE : prend la valeur 1 si série nominale espèce, 2 si série nominale genre, 3 si série nominale famille et 4 pour les noms de rangs supérieurs.
  • CDNOM : identifiant TaxRef du nom scientifique.
  • USER_CREA_FK : clé étrangère vers la table CONTRIBUTOR. Renvoie au contributeur ayant entré le nom scientifique.
  • DATE_CREA : date d’entrée du nom scientifique dans la BDD.

Table ONOPHOR

  • ONOPHOR_PK : clé primaire de la table.
  • IS_DESCRIPT : prend la valeur numérique 0 si il n’y a pas de description associée au nom scientifique, 1 s’il y’a une description et 3 si l’information est inconnue du contributeur.
  • DESCRIPT_PUBLI_FK : clé étrangère vers la table PUBLICATION.
  • FIRST_PAGE_DESCRIPT : numéro de la première page de la description.
  • FIRST_PAGE_DESCRIPT_ID : identifiant BHL de la première page de la description.

Table TAXON_NAME

  • NAME_TAXON_PK : clé primaire de la table.
  • PARONYM_FK : clé étrangère vers la table PARONYM.
  • TAXON_FK : clé étrangère vers la table ONOPHOR.

Table SPECIMEN

  • SPECIMEN_PK : clé primaire de la table.
  • SPECIMEN_NUMBER : numéro de catalogue du spécimen.
  • COLLECTION_NAME : nom de la collection contenant le spécimen.
  • INSTITUTION_NAME : nom de l’institution hébergeant la collection.
  • COUNTRY_NAME : nom du pays dont dépend l’institution.

Table ONOPHOR_SPEC

  • ONOPHOR_SPEC_PK : clé primaire de la table.
  • TAXON_FK : clé étrangère vers la table ONOPHOR.
  • SPECIMEN_FK : clé étrangère vers la table SPECIMEN.
  • T_STATUS : statut du spécimen type.
  • PUBLI_UNKNOWN : prend la valeur numérique 1 quand la publication est inconnue.
  • SPECIMEN_PUBLI_FK : clé étrangère vers la table PUBLICATION. Renvoie à la référence bibliographique de désignation du type porte-nom.
  • SPECIMEN_PUBLI_PAGE : numéro de page de désignation du type porte-nom.
  • SPECIMEN_PUBLI_PAGE_ID : identifiant BHL de la page de désignation du type porte-nom.
  • ONOPHOR_CATEG : prend la valeur “SP” si le porte-nom est un spécimen type, “S” si c’est une espèce type et “G” si c’est un genre type.

3. Les vues#

  • SPECIES_STORE : contient les données sur les noms de la série nominale “espèce” associés à leurs noms d’origine, références bibliographiques, rangs, ainsi que le nom des utilisateurs ayant entré les données (contributeur).
  • GENUS_STORE : contient les données sur les noms de la série nominale “genre” associés à leurs noms d’origine, références bibliographiques, rangs, ainsi que le nom des utilisateurs ayant entré les données (contributeur).
  • FAMILY_STORE : contient les données sur les noms de la série nominale “famille” associés à leurs noms d’origine, références bibliographiques, rangs, ainsi que le nom des utilisateurs ayant entré les données (contributeur).
  • TAXON_STORE : contient les données sur les références bibliographiques des descriptions de taxons associées aux noms scientifiques concernés.
  • SPECIMEN_STORE : contient les données sur les numéros de catalogue et de collection des spécimens-types associées aux références bibliographiques de la description du taxon et aux noms scientifiques de la série nominale “espèce”.
  • TYPE_SPECIES_STORE : contient les données sur les références bibliographiques de la désignation d’espèces-types associées aux noms scientifiques de la série nominale “genre”.
  • TYPE_GENUS_STORE : contient les données sur les références bibliographiques de la désignation de genres-types associées aux noms scientifiques de la série nominale “famille”.
  • CLASSIF_STORE : contient les données sur les références bibliographiques des classifications ainsi que le nom des utilisateurs ayant entré les données (contributeur).
  • PUBLI_STORE : contient les données sur les références bibliographiques.

4. Les séquences #

Les noms de séquences sont nommés comme ceci : AUTO_INCREMENT_ NOM_TABLE

  • AUTO_INCREMENT_CONTRIBUTOR
  • AUTO_INCREMENT_PARONYM
  • AUTO_INCREMENT_ONOPHOR
  • AUTO_INCREMENT_NAME_TAXON
  • AUTO_INCREMENT_SPECIMEN
  • AUTO_INCREMENT_ONOPHOR_SPEC
  • AUTO_INCREMENT_RANK
  • AUTO_INCREMENT_CLASSIF_REF
  • AUTO_INCREMENT_PUBLICATION


Tableau 1. Correspondance entre les intitulés des tables et les standards proposés par le TDWG

Terme actuel Terme standardRéférence du standard
NAME_TAXONTaxonNameTNC (http://www.tdwg.org/activities/tnc/)
ONOPHORTaxonConceptTNC (http://www.tdwg.org/activities/tnc/)
ONOPHOR_SPECTypificationTNC (http://www.tdwg.org/activities/tnc/)
PARONYMScientificNameDarwin core (http://rs.tdwg.org/dwc/terms/)
RANKTaxonomicRankTNC (http://www.tdwg.org/activities/tnc/)


Tableau 2. Correspondance entre les intitulés des champs et les standards proposés par le TDWG

Terme actuel Terme standardTable
PUBLI_FKPublication_fkCLASSIF_REF
FIRST_PAGEMicroReferenceCLASSIF_REF
FIRST_PAGE_BHL_IDMicroReference_bhl_idCLASSIF_REF
NAME_TAXON_PKTaxonName_pkNAME_TAXON
PARONYM_FKScientificName_fkNAME_TAXON
TAXON_FKTaxonConcept_fkNAME_TAXON
ONOPHOR_PKTaxonConcept_pkONOPHOR
DESCRIPT_PUBLI_FKCharacterCircumscription_publi_fkONOPHOR
FIRST_PAGE_DESCRIPTMicroReference_CharacterCircumscriptionONOPHOR
FIRST_PAGE_DESCRIPT_IDMicroReference_CharacterCircumscription_idONOPHOR
ONOPHOR_SPEC_PKTypification_pkONOPHOR_SPEC
TAXON_FKTypification_pkONOPHOR_SPEC
SPECIMEN_FKTypeVoucher_fkONOPHOR_SPEC
PARONYM_FKTypeName_fkONOPHOR_SPEC
STATUStypeOfTypeONOPHOR_SPEC
SPECIMEN_PUBLI_FKVoucherReference_fkONOPHOR_SPEC
SPECIMEN_PUBLI_PAGETypeVoucher_MicroReferenceONOPHOR_SPEC
SPECIMEN_PUBLI_PAGE_IDTypeVoucher_MicroReference_idONOPHOR_SPEC
ORIGINAL_NAME_FKBasionym_fkPARONYM
PARONYM_PUBLI_FKPublishedIn_fkPARONYM
PARONYM_FIRST_PAGEScientificName_MicroReferencePARONYM
PARONYM_BHL_PAGE_IDScientificName_BHL_MicroReference_idPARONYM
PUBLI_PKPublication_pkPUBLICATION
PUBLI_TITLETitlePUBLICATION
PUBLI_DATEDatePublishedPUBLICATION
AUTHORSHIPAuthorPUBLICATION
RANK_PKTaxonomicRank_pkRANK
RANK_NAMENomenclaturalTypeStatusOfUnitsEnumRANK
SPECIMEN_NUMBERcatalogNumberSPECIMEN
COLLECTION_NAMECollectionSPECIMEN
INSTITUTION_NAMEInstitutionSPECIMEN

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